มาตรา ๕ ให้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังรักษาการตามพระราชบัญญัตินี้และให้มีอํานาจแต่งตั้งพนักงานศุลกากร กับออกกฎกระทรวงในเรื่องดังต่อไปนี้
(๑) กำหนดท่า ที่ หรือสนามบินใด ๆ ในราชอาณาจักรให้เป็นด่านศุลกากร โดยจะกำหนดเงื่อนไขในการดําเนินการทางศุลกากรตามที่เห็นสมควรไว้ด้วยก็ได้ รวมทั้งระบุเขตศุลกากรของด่านศุลกากรนั้น
(๒) กำหนดที่ใด ๆ ให้เป็นด่านพรมแดน โดยจะกำหนดเงื่อนไขในการดำเนินการทางศุลกากรตามที่เห็นสมควรไว้ด้วยก็ได
(๓) กําหนดค่าธรรมเนียมไม่เกินอัตราท้ายพระราชบัญญัตินี้ หรือยกเว้นค่าธรรมเนียม
(๔) กําหนดหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขในการยื่นใบขนสินค้าและการเสียอากร สำหรับของที่นําเข้ามาในหรือส่งออกไปนอกราชอาณาจักร ทั้งนี้ เฉพาะกรณีที่มีลักษณะพิเศษหรือมีเหตุจําเป็น
(๕) กําหนดชนิดหรือประเภทของสินค้าอันตราย การเก็บและการขนถ่ายสินค้าอันตรายที่อยู่ในเขตศุลกากรและที่นําออกไปจากเขตศุลกากร รวมทั้งวิธีการจัดเก็บอากรสำหรับสินค้าอันตรายดังกล่าว
(๖) กำหนดกิจการอื่นเพื่อปฏิบัติการตามพระราชบัญญัตินี้กฎกระทรวงนั้น เมื่อได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษาแล้วให้ใช้บังคับได้